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公元前265年，司马昭病逝，其子司马炎继位。取代曹奂，把国号改为晋，是为晋武帝。晋武帝率领军队灭东吴，东吴最后一位君王孙皓被迫投降。至此三国鼎立局面彻底结束，西晋，这个长达短暂统治51年，混论纷争的年代，就这样，拉开了序幕

叶小天世袭罔替，却非王侯；他出身世家，却非高门。作为六扇门中的一个牢头儿，他本想老老实实把祖上传下来的这只铁饭碗一代代传承下去，却不想被一个神棍忽悠出了那一方小天地，这一去，便是一个太岁横空出世。

原本中医系毕业的张机，因为中医不容乐观的就业情势，于是打算转行“更有前途”的西医。然而某天他回家后，发现家中多了位不速之客——医仙【岐伯】。岐伯以“因为你是张机（张仲景）”为理由，将“重振中医”交给了张机。 为了让张机可以胜任“重振中医”的重任，岐伯遣药灵亲自教导张机中药的配伍使用，并将一本可以与药灵订立契约的《玉函本草集》交由张机，同时让人参【任弦】作为张机的帮助与监督者。